Clima: La temperatura media anual es de unos 26ºC y la precipitación anual media gira en torno a los 3,500mm.

Topografía:

En la isla de Coiba las llanuras costeras con elevaciones inferiores a los cien metros predominan en el norte y sudeste de la isla, mientras que en el resto las colinas de poca elevación que apenas superan los 200 metros de altitud constituyen el paisaje dominante.

Únicamente en el sector central hay una cadena de colinas donde se encuentran los puntos más altos: el cerro de la Torre con 416 metros y el cerro de San Juan con 406 metros.

Recursos hídricos:

En Coiba existen numerosos ríos como el Negro, con 20 kilómetros de longitud y ocho afluentes, el San Juan, con 18.5 km de extensión y el Santa Clara, con 17 km de longitud.

Biodiversidad:

Los bosques primarios son los que predominan en Coiba aunque también se encuentran bosques intervenidos como consecuencia de los campamentos de la colonia penal y de las extracciones forestales de tiempos pasados.

Se han censado 1,450 especies de plantas vasculares con la presencia de abundantes ejemplares de ceiba (Ceiba pentandra), panamá (Sterculia apetala), sepavé (Anacardium excelsum), tangaré (Carapa guianensis) y cedro espino (Bombacopsis quinatum).

Desde el año 1993 y con la colaboración de la Agencia Española de Cooperación, AECI, existe una estación biológica en el parque que hasta la fecha ha censado 36 especies de mamíferos, 147 de aves y 39 especies de anfibios y reptiles, con un alto grado de endemismo como por ejemplo en ñeque (Dasyprocta coibae) y el mono aullador (Alouatta palliata coibensis) entre los mamíferos, y el colaespina de Coiba (Cranioleuca dissita) entre las aves. Coiba es el único sitio de Panamá en el que hoy se pueden observar bandadas de las amenazadas guacamayas rojas (Ara macao).

Pero la gran riqueza natural del parque es la marina.

En la bahía de Damas se localiza un arrecife de coral con más de 135 has. de extensión, el segundo más grande del Pacífico centrooriental y el mayor de toda la región centroamericana.

Hasta la fecha se han identificado en la superficie protegida 69 especies de peces marinos, 12 de equinodermos, 45 de moluscos y 13 de crustáceos.