La isla oeste, Zapatillas Menor, es el refugio ocasional de científicos que investigan la migración de las tortugas marinas. Las tortugas verde, baula y carey vienen a anidar a sus playas, en temporada.

En el cayo Zapatilla Mayor se encuentra el Refugio de los Guardaparques, la única vivienda permanente en los cayos, manejados por INRENARE, Instituto Nacional de Recursos Naturales Renovables, organismo gubernamental encargado de la conservación y protección ambiental

Si le gustan los baños de sol en una hermosa playa, este es el lugar donde ir, con su arena blanca y aguas turquesa. Para escapar del calor, el bosque cercano le proveerá de sombra.

Si su gusto es por hacer snorkel, bucear o nadar, Zapatillas es también su respuesta.
El lugar, llamado Islas de Coral, es de poca profundidad (no más de 6 metros), pero con hermosas formaciones de coral.

Allí se puede disfrutar del buceo entre varias formaciones submarinas formando isletas, donde encuentran refugio pargos, peces ángel, meros, peces loro, peces mariposa y otros.

En sus cavidades se esconden cangrejos, morenas, langostas y una infinidad de pequeñas criaturas.

Si Ud. busca algo más que un hermoso arrecife, intente detrás de las rompientes.

Si el mar lo permite, podrá observar una pequeña pared formada por el arrecife donde se encuentran pequeñas cuevas, llegando a unos 15 metros de profundidad.

Caminar por el bosque, donde ahora existe un Sendero Interpretativo, es también una de las interesantes actividades a desarrollar en Zapatillas. Como se puede ver, los cayos Zapatillas pueden satisfacer los gustos de cualquiera.

El Sendero del Oso Perezoso está ubicado en el ámbito de la comunidad de Bahía Honda, al fondo de la bahía del mismo nombre, entre las islas Bastimentos y Solarte.

El recorrido por este sendero se hace con guías indígenas que son contratados en el restaurante de la comunidad y que lo llevan, a partir de allí, en sus botes de madera, por un recorrido corto pero fascinante y entretenido.